ในปีพุทธศักราช 2525 นายเจริญ แสงคล้อย ได้ปรึกษาหารือร่วมกับประชาชนในพื้นที่บ้านซับน้อยเหนือ เพื่อดำเนินการจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษา เนื่องจากในขณะนั้นโรงเรียนมัธยมศึกษาที่เปิดทำการอยู่มีระยะทางห่างไกลจากชุมชน ส่งผลให้นักเรียนซึ่งเป็นบุตรหลานของประชาชนต้องเดินทางไปศึกษาต่อ ณ โรงเรียนปากช่องด้วยความยากลำบาก และบางส่วนไม่สามารถศึกษาต่อได้
ด้วยเหตุผลดังกล่าว จึงได้ริเริ่มดำเนินการขอจัดตั้งโรงเรียนมัธยมศึกษาในพื้นที่ โดยได้รับความร่วมมือเป็นอย่างดียิ่งจากกำนันสกล อยู่ชำนาญการค้า และกำนันสุข ตึกโพธิ์ พร้อมทั้งได้รับความอนุเคราะห์จากนายเหมือน ทัศนพันธ์ และนางสมถวิล ทัศนพันธ์ ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านซับน้อยเหนือ ซึ่งได้ร่วมดำเนินการจัดหานักเรียนในช่วงระยะแรกของการก่อตั้งโรงเรียน
ทั้งนี้ การดำเนินการขอจัดตั้งโรงเรียนได้ดำเนินการผ่านนายเชาวลิต แสงคล้อย ผู้อำนวยการโรงเรียนสามชุกรัตนโภคาราม อำเภอสามชุก จังหวัดสุพรรณบุรี ซึ่งได้ให้ความอนุเคราะห์ประสานงานติดต่อกับท่านจุไร ลียากาศ ซึ่งดำรงตำแหน่งรองอธิบดีในขณะนั้น และท่านรองอธิบดีได้พิจารณาเห็นชอบต่อการจัดตั้งโรงเรียนดังกล่าว
ต่อมา กระทรวงศึกษาธิการได้มอบหมายให้ศึกษาธิการจังหวัดแต่งตั้งนายสุรสิทธิ์ ดำรงกิตติคุณ (ตำแหน่งอาจารย์ 2 โรงเรียนสระบุรีวิทยาคม) ให้ดำรงตำแหน่งครูใหญ่ และได้เปิดทำการเรียนการสอนเมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม พุทธศักราช 2526 โดยในวันดังกล่าวมีอาจารย์ใหญ่เลอพงษ์ วงษ์สง่า ให้เกียรติมาเป็นประธานในพิธีเปิดโรงเรียนและดำเนินการลงทะเบียนรับนักเรียน ทั้งนี้ ได้ใช้อาคารเรียนชั่วคราวของโรงเรียนบ้านซับน้อยเหนือเป็นสถานที่จัดการเรียนการสอนเป็นครั้งแรก
ในระยะเริ่มแรก โรงเรียนเปิดทำการสอนจำนวน 1 ห้องเรียน มีนักเรียนจำนวน 46 คน และมีครูจำนวน 8 คน โดยใช้ชื่อว่า “โรงเรียนวังม่วงสาขา” ต่อมา กรมสามัญศึกษา กระทรวงศึกษาธิการ ได้ประกาศจัดตั้งโรงเรียนอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 30 พฤษภาคม พุทธศักราช 2527 และให้ใช้ชื่อโรงเรียนว่า “ซับน้อยเหนือวิทยาคม”
โรงเรียนได้ย้ายมาดำเนินการจัดการเรียนการสอน ณ ที่ตั้งปัจจุบัน เมื่อวันที่ 1 มกราคม พุทธศักราช 2528 และได้จัดพิธีเปิดป้ายชื่อโรงเรียนอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 12 มกราคม พุทธศักราช 2528 ทั้งนี้ โรงเรียนได้รับการบริจาคที่ดินรวมทั้งสิ้นจำนวน 42 ไร่ 2 งาน 45 ตารางวา จากผู้มีอุปการคุณ ดังต่อไปนี้
1. นายเจริญ – นางบุญส่ง แสงคล้อย จำนวน 13 ไร่ 2 งาน 45 ตารางวา
2. นายอุดมศักดิ์ – นางเพียงใจ ขุนโขลน จำนวน 10 ไร่
3. นายเล็ก – นางทองหล่อ ชื่นอารมณ์ จำนวน 7 ไร่
4. นายบุญช่วย – นางธนารัตน์ หลักธง จำนวน 7 ไร่
5. สภาตำบลลำพญากลาง จำนวน 5 ไร่
ต่อมา เมื่อวันที่ 6 กรกฎาคม พุทธศักราช 2546 ได้มีการยุบกรมสามัญศึกษา ส่งผลให้โรงเรียนเปลี่ยนมาสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน (สำนักงาน สพฐ.) ตั้งแต่วันที่ 7 กรกฎาคม พุทธศักราช 2546 เป็นต้นมาจนถึงปัจจุบัน
